Unutar Instituta
Filozofsko – teološkim studijem, unutar Filozofsko–teološkog instituta Družbe Isusove u Zagrebu, osim Nadstojnika Instituta i Vijeća Instituta, upravlja Ravnatelj Filozofsko – teološkog studija i Vijeće Studija.
Vijeće Filozofsko – teološkog studija u užem smislu čine samo predavači, a u širem smislu, osim predavača i predstavnici studenata.
U odnosu prema Filozofskom i Teološkom fakultetu Gregoriane
- Delegat Sveučilišta Gregoriana u Rimu ima pravo: predstavljati Gregorianu, odlučivati o programima studija i ispita, predstavljati nove profesore vlastima Gregoriane na imenovanje ili odobrenje, predsjedati na završnom diplomskom ispitu, posjećivati Filozofsko – teološki studij i nadgledati stanje studija (predavanja, ispite, biblioteku), prisustvovati sjednicama Vijeća Filozofsko – teološkog studija.
- Ravnatelj Filozofsko – teološkog studija treba da prije početka akademske godine pošalje Sveučilištu Gregoriana popis profesora čitavog tijeka Filozofsko – teološkog studija, zajedno s njihovim akademskim naslovima, te podatke o tome kad su počeli poučavati i koje discipline predaju.
- Svršetkom akademske godine poslat će Sveučilištu Gregoriana potpuni izvještaj o stanju studenata posljednje godine, kandidata za diplomski ispit.
- Diploma nosi naslov Papinskog Sveučilišta Gregoriana koji podjeljuje stupanj, zajedno s nazivom Instituta Družbe Isusove u Zagrebu, a potpisuju je oba autoriteta.
- Takse za upis, ispite i diplome određuje Papinsko Sveučilište Gregoriana u suglasnosti s Ravnateljem Filozofsko – teološkog studija.
- Filozofsko – teološki studij, kao dio Filozofsko–teološkog instituta, vlasništvo je Hrvatske pokrajine Družbe Isusove sa sjedištem u Zagrebu.